博客
关于我
基于Materials Studio(MS)软件对金表面自组装膜的结构进行优化
阅读量:267 次
发布时间:2019-03-01

本文共 730 字,大约阅读时间需要 2 分钟。

MS Discover结构优化原理及应用分析

分子势能与构象稳定性

分子的势能主要由键合能和非键合力作用(如静电作用、范德华作用)组成。势能面(Potential Energy Surface,PES)是势能的几何表示,其中全局最小值对应分子最稳定的构象。通过最小化算法对势能面进行优化,可以得到最优化结构(Optimized Structure)。此过程即为结构优化。

常见的最小化算法

在MS Discover中,常用以下四种最小化算法:

  • 最陡下降法(Steepest Descent):通过迭代求导,沿能量梯度负方向优化坐标。计算简单但收敛性较差,适用于初始阶段。

  • 共轭梯度法(Conjugate Gradient):结合前次迭代梯度与当前梯度的线性组合,得到下降方向。收敛性较好,但对初始结构要求较高,常与最陡下降法结合使用。

  • 牛顿方法(Newton):利用二阶导数加速收敛,效率较高,常与最陡下降法联合使用。

  • 综合法(Smart Minimizer):结合最陡下降、共轭梯度和牛顿方法的优点,可灵活选择不同的优化策略。

  • MS Discover中的算法选择

    在Smart Minimizer中,用户可选择不同算法组合。共轭梯度法和牛顿法可单独选择,而牛顿法还可设定最大原子数,超出数值时系统会切换至预设收敛方法(如共轭梯度法),并调整收敛精度。

    分子力学模拟设置

    在分子力场方面,MS Discover使用COMPASS力场,范德华作用和库仑力采用Atom Based计算,迭代方法选择Smart Minimizer,以确保优化过程的高效和稳定。

    计算结果

    通过Smart Minimizer算法的优化,能够获得高质量的最优化结构,满足分子模拟的需求。

    转载地址:http://orbv.baihongyu.com/

    你可能感兴趣的文章
    python+pytest接口自动化 —— 参数关联
    查看>>
    Python+pytest接口自动化 —— 接口测试基础
    查看>>
    python+pytest接口自动化 —— 自动化用例编写思路 (使用pytest编写一个测试脚本)
    查看>>
    Python+pytest接口自动化之cookie绕过登录(保持登录状态)
    查看>>
    python+pytest接口自动化:接口测试
    查看>>
    Python+requests+unittest执行接口自动化测试详情
    查看>>
    Python+requests+unittest执行接口自动化测试详情
    查看>>
    python+requests+unittest执行自动化接口测试!
    查看>>
    Python+Requests编码识别Bug
    查看>>
    python函数编写_[零基础学python]传说中的函数编写条规
    查看>>
    Python+selenium —— UI自动化之鼠标操作
    查看>>
    python函数注释,参数后面加冒号:,函数后面的箭头→是什么?
    查看>>
    Python+Selenium+Threading进行兼容性测试
    查看>>
    Python+selenium+unittest的GUI自动化框架实现
    查看>>
    python函数拟合不规则曲线_Python计算&绘图——曲线拟合问题(转)
    查看>>
    python函数定义的基本格式_零基础学python-2.19 定义函数、调用函数与默认参数
    查看>>
    Python+Selenium之数据驱动测试的实现
    查看>>
    python函数定义与使用+返回值简解
    查看>>
    Python+Selenium登录
    查看>>
    Python日期时间模块
    查看>>